秀屿作业区有1#、 4#、5#、6#等4个多用途件杂货码头，大可靠泊5万吨级船舶，年设计吞吐量258万吨，主要从事为集装箱、散货、木材、水泥、钢材、粮食等货物装卸、堆存业务。秀屿作业区拥有华东、华南地区的进口木材检疫除害处理区以及相配套的设施，年处理能力达200万立方，是东南沿海地区进口木材的中转枢纽。