南沙港区码头泊位共92个，其中，万吨级及以上泊位有16个，10万级泊位有2个，12万级泊位1个。另外，中船龙穴基地已建成9个万吨级的造船和修船码头。南沙港区集装箱设计通过能力为990万TEU，石油化工码头设计能力3975万吨。南沙港区内共有27家码头企业，其中有13家企业码头取得危险货物港口作业资格。其中，有8家进行石油、化工装卸作业，有5家企业进行集装箱危险货物装卸作业。