祥芝港位于深沪湾北面，是有名的渔港。历史上是重要海防要地。据明何乔远《闽书》载，“祥芝港东抵外洋大海，南至永宁尾，与崇武所相对。明初徙石湖巡检司于此”。祥芝港岸长3公里，航道长9.5公里，宽0.25～1.2公里，水深10～15米。